目的分析痰涂片镜检、基因芯片及多色巢式荧光定量聚合酶链反应（GeneXpert MTB/RIF）对疑似肺结核患者的检测效能。方法选取2017年1月至2022年12月该院收治的疑似肺结核患者97例作为研究对象，均实施痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF及痰液罗氏培养检查。以痰液罗氏培养结果为金标准，探究不同检测方式及联合检测对疑似肺结核的诊断效能，采用Kappa值检验与金标准诊断结果的一致性。结果痰液罗氏培养检测结果显示，97例疑似肺结核患者阳性55例，阴性42例，阳性检出率为56.70%（55/97）。痰液罗氏培养检出非结核分枝杆菌18株，包括鸟分枝杆菌4株，胞内分枝杆菌9株，偶发分枝杆菌1株，堪萨斯分枝杆菌3株，海分枝杆菌1株。痰涂片镜检检出阳性34例，真阳性29例，阳性检出率为35.05%（34/97），基因芯片检出阳性41例，真阳性37例，阳性检出率为42.27%（41/97）；GeneXpert MTB/RIF检出阳性44例，真阳性37例，阳性检出率为45.36%（44/97）。基因芯片、GeneXpert MTB/RIF灵敏度、准确率高于痰涂片镜检，基因芯片与GeneXpert MTB/RIF敏感度一致，但基因芯片特异度高于GeneXpert MTB/RIF。非结核分枝杆菌中，痰涂片镜检检出鸟分枝杆菌1株、胞内分枝杆菌2株，基因芯片检出胞内分枝杆菌1株，GeneXpert MTB/RIF检出鸟分枝杆菌1株。痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF三项联合检出阳性55例，真阳性53例，三项联合检测灵敏度为96.36%（53/55）、特异度为95.24%（40/42）、准确率为95.88%（93/97），均高于单一方法检测的灵敏度与准确率，差异均有统计学意义（P＜0.05）。痰涂片镜检与痰液罗氏培养一致性为68.04%（Kappa=0.59）；基因芯片与痰液罗氏培养一致性为77.32%（Kappa=0.70）；GeneXpert MTB/RIF与痰液罗氏培养一致性为74.23%（Kappa=0.66）；三项联合与痰液罗氏培养一致性为95.88%（Kappa=0.89）。结论较GeneXpert MTB/RIF、痰涂片镜检技术，基因芯片诊断效能及一致性更高，且3种技术联合诊断效能更高，临床可根据需求选择适宜诊断技术。