药物基因组学作为精准医疗的落地平台备受关注，其中多重药物基因检测指导精准用药已被大规模临床研究证实具有可行性，并且有助于改善患者预后。作为多重基因检测关键技术之一的基于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱的核酸质谱技术以其中通量、高灵活性、高准确度、低成本等特点，在多重药物基因检测领域具有独特优势。该文介绍了核酸质谱技术原理和特点，以及该技术在多重药物基因检测中的优势，并重点综述了核酸质谱多重药物基因检测在精神神经类、心脑血管类、镇痛麻醉类、肿瘤类及老年多重用药等药物基因组学领域的临床研究和应用现状。未来通过完善核酸质谱检测标准化流程和规范，与测序技术联合应用，并将核酸质谱多基因检测与临床多模态数据整合分析，有望进一步助力核酸质谱多重基因检测技术在临床精准用药中的应用与实施。