目的探讨数字聚合酶链反应（dPCR）应用于大规模呼吸系统疾病流行监测的可行性。方法利用核酸体外转录RNA标准物质制备标准品，分别绘制荧光定量聚合酶链反应（qPCR）和dPCR方法的标准曲线，比较2种检测方法的线性范围，结合临床诊断结果，评价qPCR和dPCR方法的优劣。结果qPCR检测基因1的最低检测限（LoD）值为17.10 copy/μL，基因2的LoD值为17.60 copy/μL，标准曲线R 2分别为0.960 7和0.958 1，dPCR检测基因1的LoD值为0.80 copy/μL，基因2的LoD值为0.40 copy/μL，R 2分别达到0.999 3和0.999 9。结论应用dPCR方法检测病原微生物感染患者的样本，其LoD值高于qPCR方法20倍以上，且dPCR敏感性和特异性均优于qPCR。在进行大规模呼吸系统疾病流行监测的过程中，dPCR有望能够较qPCR更加准确有效地判定样本中病原微生物载量。