目的检测宫颈鳞状上皮高度病变（HSIL）患者阴道菌群和高危型人乳头瘤病毒（HR-HPV）感染情况，并分析HSIL患者阴道菌群改变与HR-HPV感染、宫颈癌的关系。方法选取2022年1月至2023年12月该院收治的232例HSIL患者作为HSIL组，根据宫颈上皮内瘤变（CIN）分级将HSIL组分为CINⅡ级（102例）与CINⅢ级（130例）。另选取同期在该院门诊就诊的HPV阴性、宫颈液基细胞学检测阴性的232例患者作为对照组。检测并比较2组阴道微生态变化情况，比较HSIL组中不同CIN分级患者阴道微生态变化情况。HSIL组均检测HR-HPV感染情况，比较有无HR-HPV感染患者的一般资料和阴道微生态变化情况，分析HSIL患者感染HR-HPV的影响因素。根据随访结果，将发生宫颈癌的患者纳入宫颈癌发生组，未发生宫颈癌的患者纳入宫颈癌未发生组。结果HSIL组和对照组滴虫性阴道炎（TV）检出率比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。HSIL组阴道菌群失调、细菌性阴道炎（BV）、阴道假丝酵母菌病（VVC）检出率均高于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。HSIL组中CIN Ⅱ级患者与CIN Ⅲ级患者阴道菌群失调、BV、VVC、TV检出率比较，差异均无统计学意义（P＞0.05）。HSIL组232例患者感染HR-HPV 123例，感染率为53.02%。有无HR-HPV感染患者年龄、CIN分级及VVC、TV检出率比较，差异均无统计学意义（P＞0.05），HR-HPV感染患者阴道菌群失调、BV检出率均高于无HR-HPV感染患者，差异均有统计学意义（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示，阴道菌群失调、有BV均为HSIL患者感染HR-HPV的危险因素（P＜0.05）。随访期间有6例发生宫颈癌，纳入宫颈癌发生组，且治疗前均为CIN Ⅲ级，其中3例阴道微生态改变（2例阴道菌群失调和1例BV合并VVC）、4例HR-HPV感染。宫颈癌未发生组纳入226例。宫颈癌发生组与宫颈癌未发生组阴道微生态改变率、HR-HPV感染率比较，差异均无统计学意义（P＞0.05）。宫颈癌发生组CIN Ⅲ级占比高于宫颈癌未发生组，差异有统计学意义（P＜0.05）。结论HSIL患者阴道微生态失衡，阴道菌群失调、BV均增加HR-HPV感染风险，但HSIL患者阴道微生态失衡与宫颈癌发生无明显关系。