目的分析神经内镜下血肿清除术治疗丘脑出血患者的疗效及对血清血小板源性生长因子-D（PDGF-D）、轴突生长抑制因子-A（Nogo-A）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）水平的影响。方法选择2021年9月至2024年9月在该院进行丘脑出血治疗的80例患者作为研究对象，根据适应证将其分为对照组、研究组，各40例。对照组采用立体定向血肿清除术治疗。研究组采用神经内镜下血肿清除术治疗。比较2组患者的手术时间、住院时间、术中出血量、血肿清除率。采用格拉斯哥昏迷量表（GCS）评分、美国国立卫生研究院卒中量表（NIHSS）评分评估患者病情严重程度及神经功能缺损情况。比较2组术前和术后7 d血清PDGF-D、Nogo-A、MMP-9水平。统计2组患者术后并发症发生情况。结果与对照组比较，研究组手术时间、住院时间缩短，术中出血量减少，血肿清除率升高，差异均有统计学意义（P<0.05）。术后7 d，与对照组相比，研究组GCS评分升高（P<0.05），NIHSS评分及PDGF-D、Nogo-A、MMP-9水平降低（P<0.05）。研究组术后并发症总发生率（7.50%）低于对照组（10.00%），但差异无统计学意义（P>0.05）。结论神经内镜下血肿清除术治疗丘脑出血效果显著，能改善患者临床症状，减轻机体炎症反应，改善神经功能，降低血清PDGF-D、Nogo-A、MMP-9水平，且不增加并发症发生风险。