目的探讨细胞因子信号转导抑制因子3（SOCS3）、核因子-κB（NF-κB）、CX3C趋化因子配体1（CX3CL1）与克罗恩病患者疾病活动度和肠道菌群的相关性，并分析其对克罗恩病的鉴别诊断价值。方法选取2022年5月至2025年3月在该院就诊的106例克罗恩病患者作为克罗恩病组，以及同期该院收治的92例溃疡性结肠炎患者作为溃疡性结肠炎组，另选取同期在该院进行体检的108例健康体检者作为对照组。根据简化克罗恩疾病活动指数（CDAI）评分，将克罗恩病患者分为缓解期组（CDAI评分＜150分）和活动期组（CDAI评分≥150分）。检测血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1水平及肠道菌群数量。采用Pearson相关分析克罗恩病患者血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1水平与CDAI评分及肠道菌群数量的相关性。采用多因素Logistic回归分析克罗恩病发生的影响因素。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1对克罗恩病的鉴别诊断价值。采用Bootstrap法对血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1联合模型进行内部验证，校准曲线分析模型校准度。结果克罗恩病组血清SOCS3水平低于对照组和溃疡性结肠炎组，且溃疡性结肠炎组低于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。克罗恩病组血清NF-κB、CX3CL1水平高于对照组和溃疡性结肠炎组，且溃疡性结肠炎组高于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。活动期组血清SOCS3水平低于缓解期组，血清NF-κB、CX3CL1水平高于缓解期组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。活动期组CDAI评分及大肠埃希菌、链球菌、肠球菌、幽门螺杆菌数量高于缓解期组，乳酸杆菌、双歧杆菌数量低于缓解期组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。Pearson相关分析结果显示，克罗恩病患者血清SOCS3水平与CDAI评分及大肠埃希菌、链球菌、肠球菌、幽门螺杆菌数量呈负相关，与乳酸杆菌、双歧杆菌数量呈正相关（P＜0.05）。克罗恩病患者血清NF-κB、CX3CL1水平与CDAI评分及大肠埃希菌、链球菌、肠球菌、幽门螺杆菌数量呈正相关（P＜0.05），与乳酸杆菌、双歧杆菌数量呈负相关（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示，血清SOCS3水平升高为克罗恩病发生的保护因素（P＜0.05），血清NF-κB、CX3CL1水平升高为克罗恩病发生的危险因素（P＜0.05）。ROC曲线分析结果显示，3项指标联合鉴别诊断克罗恩病的曲线下面积（AUC）分别为0.959，大于血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1单独检测的AUC（Z=4.543、5.183、3.807，均P＜0.05）。Hosmer-Lemeshow拟合优度检验χ 2=6.875，P=0.306，校准曲线结果中联合模型预测概率与实际概率基本一致，校准度良好。结论血清SOCS3、NF-κB、CX3CL1联合检测可有效鉴别诊断克罗恩病，其表达异常与疾病活动度和肠道菌群数量相关。